В центре исследования четыре духовных академии: Московская, Санкт-Петербургская, Киевская и Казанская. Исследуются структуры внешнего и внутреннего управления духовных академий, профессорско-преподавательский и студенческий состав, дается характеристика синодальной политики в отношении духовных академий, исследуются основные вопросы и этапы реформирования духовных академий в конце XIX – начале XX вв. Освещаются также проблемы, с которыми высшая духовная школа столкнулась на рубеже XIX–XX вв., и наметившиеся пути их решения.

Хронологические рамки исследования определены периодом конца XIX – начала XX вв. – одним из самых драматичных в русской истории и одним из самых насыщенных в истории духовной школы. Это было время многочисленных изменений, дополнений в академическом законодательстве, работы различных комиссий по пересмотру устава и подготовки реформы и самых горячих дискуссий по вопросам реформирования высшего духовного образования, в которых приняли участие известные церковные иерархи, профессора и студенты.

Ядро источниковой базы составили архивные материалы, хранящиеся в фондах РГИА, ЦГИА г. Москвы, ЦГИА г. Санкт-Петербурга, а также в отделе рукописей РГБ и РНБ. Среди них документы официального характера: отчеты о ревизиях духовных академий, служебные записки должностных лиц, формулярные списки преподавателей, ежегодные академические отчеты и всеподданнейшие отчеты обер-прокурора Святейшего Синода по ведомству православного исповедания. Также привлекались документы личного происхождения: письма профессоров, воспоминания бывших студентов и преподавателей. Особое внимание было уделено периодическим изданиям, как светским, так и церковным (синодальным, духовно-академическим, церковно-общественным). Издание богато иллюстрировано.